さぁ、思う存分蛇足ろう。
いや、きっと役に立つことも含まれるはず。

FlashVideoEncoderのせいかと思い、前処理でリサイズしてからエンコードしてみる。
aviutilかなぁ。てことは、まず、aviに変換しなきゃ。
QTConverterてのがよさげ。

動画変換ソフト 3GP変換 3G2変換 AMC変換 FLV変換（ON2VP6対応） iPod(M4V，M4A)変換 DivX(AVI)の読み込みも可能 - QTConverter - QTConverterについて

もちろん無圧縮だぁ。あーあ、1ギガ超えちゃった。
リサイズだぁ。音声はそのままで、ということで「再圧縮無し」にして、、、。
リサイズでけた。再生してみる。音がおかしい。
きっと無圧縮だからデコードが追いつかない(未来からツッコミ：そりゃ理屈に合わないだろ、まあいいや)に違いない。というか、そうでなければ困るのだよ、明智くん。
つうわけで、気にせずFlashVideoEncoderにぶち込む。
やたー。よそーどーり、圧縮したらちゃんと音声は再生できるぞ－。でーきーるーぞーーーっ！味皇様万歳！！
…よく見たら、また忌まわしき、あの8ピクセルが。。。

aviファイルを再生すると、そんなものはないぞっ。
FlashVideoEncoderめ、リサイズ無しにしたのに余分なピクセルを計上しよって。何事かぁっ。

もはや、頼みの綱はグーグル大先生のみ。

480x360は16の倍数じゃないから、480x352または480x368でなきゃダメ

的な記事に当たる。
もしかして、コレ？？
でも、過去にエンコードしたやつは、ちゃんとでけとるよ。
過去にエンコードしたやつ・・・
も　し　や。
コ　ー　デ　ッ　ク。
今回、高画質化をはかって、On2 VP6にしたよね。。
過去のはSorenson Sparkだよね。。まさかね。。。

Sorenson Spark にコーデックを変更してみる。
うまくいく。
...orz

終幕

後書き
結局なぜ16の倍数じゃなきゃいけないのかは不明のまま。
高圧縮にするには何かを犠牲にしなきゃならないのは当然だから、それ自体は別にいいんだけど。
16の倍数を指定せよ、的なアラート出してくれてもいいじゃん。FlashVideoEncoderさんよ。。
こんなこと知らない訳じゃないでしょ。まさか、知らずにツカってんの？いや、ごめんなさい。